Isolé du continent africain puis de l’Inde il y a respectivement ~120-150 et ~90 millions d’années, Madagascar suscite dans la communauté scientifique de nombreuses interrogations et particulièrement sur l’origine d’une partie de sa biodiversité actuelle.

En effet, plusieurs grandes lignées évolutives endémiques à Madagascar ont pour origine des vagues successives de colonisation -depuis le stock africain- pendant le cénozoïque (>65 millions d’années), c.-à.-d. bien après son isolement dans l’océan indien. Cependant, le canal du Mozambique large de 450 km, qui sépare l’Afrique de Madagascar d’une part, et l’orientation de ses courants de surface d’autre part, opposent une barrière infranchissable aux déplacements des animaux terrestres tels que les primates, carnivores ou rongeurs. Ce problème qui se formule en d’autres termes par « d’où, quand et comment ces animaux sont arrivés à Madagascar ? » a été qualifié d’un des plus grands mystères de l’histoire naturelle de notre planète.

Plusieurs scénarios ont été proposés pour expliquer l’origine des Lémuriens, Tenrec, Fossa et autres animaux emblématiques de Madagascar et notamment la théorie des radeaux dérivants. Cette théorie pose comme hypothèse que des évènements rares à notre échelle de temps, comme le transport accidentel d’animaux par des radeaux naturels, deviennent de facto fréquents et potentiellement efficients à l’échelle des temps géologiques. Cette hypothèse, largement débattue dans la communauté scientifique, est actuellement soutenue par des modèles paléo-océanographique et paléo-géographique permettant de reconstituer les positions successives de Madagascar lors de sa dérive et l’évolution de l’orientation des courants marins lors de la genèse du canal du Mozambique jusqu’à aujourd’hui.

Quelque soit l’origine de ces lointains ancêtres, les premiers migrants et leur descendance isolés des autres terres émergées ont alors subi les processus évolutifs qui sont à l’origine de cette faune diversifiée, unique et strictement endémique à Madagascar. La structure et la magnitude de cette biodiversité trouvent par ailleurs leur origine à travers la grande diversité des habitats malgaches en termes de géologie, de reliefs et de (micro)climats.